Scenariusz gry rozpoczyna się w dwa lata przed wydarzeniami znanymi z Jak II: Renegade. Jak zostaje schwytany zostaje przez wojska patrolujące Heaven City, natomiast Daxter, z racji nikczemnego wzrostu i sporej wprawy w unikaniu problemów, z powodzeniem unika niewoli. Mały futrzak obiecuje co prawda Jakowi, że sprowadzi pomoc, ale jak się okazuje, kolejne dwa lata będą bardzo pracowitym okresem w jego życiu. Kiedy Jak gnije w niewoli, Heaven City nawiedza plaga robali, a niepozorny Dax zabiera się za dezynsekcję. Uzbrojony w elektryczną packę na muchy, pojemnik z zielonym płynem, a z czasem miotacz ognia, Daxter postara się zaprowadzić porządek w świecie gry.

Oprócz rozrywki na wysokim poziomie, już od pierwszych minut można spodziewać się ironicznego i lekceważącego, a więc specyficznego dla Daxtera poczucia humoru. Gęba sympatycznego futrzaka nie zamyka się nawet na moment, a każde, nawet najmniejsze wydarzenie w świecie gry musi zostać przez niego należycie skomentowane. Daxter odwiedzi siedemnaście rozmaicie zaprojektowanych poziomów, gdzie czeka go mnóstwo skakania po platformach, tłuczenia nieprzyjaciół po łbach i zbierania błyszczących świecideł. Wielbicielom filmów (i gier) akcji z pewnością spodoba się fakt, że Daxter w wielu momentach stara się parodiować najbardziej uznane i rozpoznawane wśród widzów dzieła. Odblokowując mini gry gracze ujrzą, jak Dax bierze na siebie rolę Indiany Jonesa, Neo z Matrixa, bohatera Władcy Pierścieni, a nawet… Snake'a z Metal Gear Solid!

Obszerny świat gry zapewnia mnóstwo zabawy, ale gdy doliczyć do tego wszystkie mini gry i ogromne ilości bonusów czekających na odkrycie (jak choćby filmy z produkcji gry), szybko okaże się, że jest to jeden z najpotężniejszych i najbardziej rozbudowanych tytułów na PSP (PlayStation Portable).